Structurele basis van species-selectieve antagonistbinding aan de succinaatrecepto

Structurele basis van species-selectieve antagonistbinding aan de succinaatrecepto

oktober 27, 2019 0 Door admin

Translating…


CBD Olie kan helpen bij artrose. Lees hoe op MHBioShop.com


Huile de CBD peut aider avec l’arthrose. Visite HuileCBD.be


 

Abstract

The tricarboxylic acid cycle intermediate succinate is involved in metabolic processes and plays a crucial role in the homeostasis of mitochondrial reactive oxygen species1. The receptor responsible for succinate signalling, SUCNR1 (also known as GPR91), is a member of the G-protein-coupled-receptor family2 and links succinate signalling to renin-induced hypertension, retinal angiogenesis and inflammation3,4,5. Because SUCNR1 senses succinate as an immunological danger signal6—which has relevance for diseases including ulcerative colitis, liver fibrosis7, diabetes and rheumatoid arthritis3,8—it is of interest as a therapeutic target. Here we report the high-resolution crystal structure of rat SUCNR1 in complex with an intracellular binding nanobody in the inactive conformation. Structure-based mutagenesis and radioligand-binding studies, in conjunction with molecular modelling, identified key residues for species-selective antagonist binding and enabled the determination of the high-resolution crystal structure of a humanized rat SUCNR1 in complex with a high-affinity, human-selective antagonist denoted NF-56-EJ40. We anticipate that these structural insights into the architecture of the succinate receptor and its antagonist selectivity will enable structure-based drug discovery and will further help to elucidate the function of SUCNR1 in vitro and in vivo.

Access options

Subscribe to Journal

Get full journal access for 1 year

227,81 €

only 4,47 € per issue

All prices include VAT for Netherlands.

Rent or Buy article

Get time limited or full article access on ReadCube.

from$8.99

All prices are NET prices.

Data availability

Structure factors and coordinates of the rat SUCNR1–Nanobody6 and the SUCNR1(K181.31E/K2697.32N)–Nanobody6–NF-56-EJ40 complex structures have been deposited in the Protein Data Bank (PDB) under accession codes 6IBB and 6RNK, respectively. All source data associated with the paper (in addition to those deposited) are provided as Supplementary Information.

References

  1. 1.

    Tretter, L., Patocs, A. & Chinopoulos, C. Succinate, an intermediate in metabolism, signal transduction, ROS, hypoxia, and tumorigenesis. Biochim. Biophys. Acta 1857, 1086–1101 (2016).

  2. 2.

    He, W. et al. Citric acid cycle intermediates as ligands for orphan G-protein-coupled receptors. Nature 429, 188–193 (2004).

  3. 3.

    Gilissen, J., Jouret, F., Pirotte, B. & Hanson, J. Insight into SUCNR1 (GPR91) structure and function. Pharmacol. Ther. 159, 56–65 (2016).

  4. 4.

    Peruzzotti-Jametti, L. et al. Macrophage-derived extracellular succinate licenses neural stem cells to suppress chronic neuroinflammation. Cell Stem Cell 22, 355–368.e13 (2018).

  5. 5.

    Schneider, C. et al. A metabolite-triggered tuft cell-ILC2 circuit drives small intestinal remodeling. Cell 174, 271–284.e14 (2018).

  6. 6.

    Rubic, T. et al. Triggering the succinate receptor GPR91 on dendritic cells enhances immunity. Nat. Immunol. 9, 1261–1269 (2008).

  7. 7.

    Cho, E. H. Succinate as a regulator of hepatic stellate cells in liver fibrosis. Front. Endocrinol. 9, 455 (2018).

  8. 8.

    Littlewood-Evans, A. et al. GPR91 senses extracellular succinate released from inflammatory macrophages and exacerbates rheumatoid arthritis. J. Exp. Med. 213, 1655–1662 (2016).

  9. 9.

    Jha, A. K. et al. Network integration of parallel metabolic and transcriptional data reveals metabolic modules that regulate macrophage polarization. Immunity 42, 419–430 (2015).

  10. 10.

    Chouchani, E. T. et al. Ischaemic accumulation of succinate controls reperfusion injury through mitochondrial ROS. Nature 515, 431–435 (2014).

  11. 11.

    Tannahill, G. M. et al. Succinate is an inflammatory signal that induces IL-1β through HIF-1α. Nature 496, 238–242 (2013).

  12. 12.

    Mills, E. L. et al. Succinate dehydrogenase supports metabolic repurposing of mitochondria to drive inflammatory macrophages. Cell 167, 457–470 (2016).

  13. 13.

    de Castro Fonseca, M., Aguiar, C. J., da Rocha Franco, J. A., Gingold, R. N. & Leite, M. F. GPR91: expanding the frontiers of Krebs cycle intermediates. Cell Commun. Signal. 14, 3 (2016).

  14. 14.

    Keiran, N. et al. SUCNR1 controls an anti-inflammatory program in macrophages to regulate the metabolic response to obesity. Nat. Immunol. 20, 581–592 (2019).

  15. 15.

    Trauelsen, M. et al. Receptor structure-based discovery of non-metabolite agonists for the succinate receptor GPR91. Mol. Metab. 6, 1585–1596 (2017).

  16. 16.

    Bhuniya, D. et al. Discovery of a potent and selective small molecule hGPR91 antagonist. Bioorg. Med. Chem. Lett. 21, 3596–3602 (2011).

  17. 17.

    Chun, E. et al. Fusion partner toolchest for the stabilization and crystallization of G protein-coupled receptors. Structure 20, 967–976 (2012).

  18. 18.

    Pardon, E. et al. A general protocol for the generation of Nanobodies for structural biology. Nat. Protoc. 9, 674–693 (2014).

  19. 19.

    Cherezov, V. et al. High-resolution crystal structure of an engineered human β2-adrenergic G protein-coupled receptor. Science 318, 1258–1265 (2007).

  20. 20.

    Rasmussen, S. G. et al. Crystal structure of the β2 adrenergic receptor–Gs protein complex. Nature 477, 549–555 (2011).

  21. 21.

    Zhang, D. et al. Two disparate ligand-binding sites in the human P2Y1 receptor. Nature 520, 317–321 (2015).

  22. 22.

    Che, T. et al. Structure of the nanobody-stabilized active state of the kappa opioid receptor. Cell 172, 55–67 (2018).

  23. 23.

    Staus, D. P. et al. Allosteric nanobodies reveal the dynamic range and diverse mechanisms of G-protein-coupled receptor activation. Nature 535, 448–452 (2016).

  24. 24.

    Burg, J. S. et al. Structural basis for chemokine recognition and activation of a viral G protein-coupled receptor. Science 347, 1113–1117 (2015).

  25. 25.

    Kruse, A. C. et al. Activation and allosteric modulation of a muscarinic acetylcholine receptor. Nature 504, 101–106 (2013).

  26. 26.

    Rasmussen, S. G. et al. Structure of a nanobody-stabilized active state of the β2 adrenoceptor. Nature 469, 175–180 (2011).

  27. 27.

    Ballesteros, J. A. & Weinstein, H. Integrated methods for the construction of three-dimensional models and computational probing of structure-function relations in G protein-coupled receptors. Methods Neurosci. 25, 366–428 (1995).

  28. 28.

    Caffrey, M. & Cherezov, V. Crystallizing membrane proteins using lipidic mesophases. Nat. Protoc. 4, 706–731 (2009).

  29. 29.

    McCoy, A. J. et al. Phaser crystallographic software. J. Appl. Crystallogr. 40, 658–674 (2007).

  30. 30.

    Adams, P. D. et al. PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. Acta Crystallogr. D 66, 213–221 (2010).

  31. 31.

    Emsley, P. & Cowtan, K. Coot: model-building tools for molecular graphics. Acta Crystallogr. D 60, 2126–2132 (2004).

  32. 32.

    Jacobson, M. P. et al. A hierarchical approach to all-atom protein loop prediction. Proteins 55, 351–367 (2004).

  33. 33.

    Milletti, F., Storchi, L., Sforna, G. & Cruciani, G. New and original pK a prediction method using grid molecular interaction fields. J. Chem. Inf. Model. 47, 2172–2181 (2007).

  34. 34.

    Halgren, T. A. et al. Glide: a new approach for rapid, accurate docking and scoring. 2. Enrichment factors in database screening. J. Med. Chem. 47, 1750–1759 (2004).

  35. 35.

    Friesner, R. A. et al. Glide: a new approach for rapid, accurate docking and scoring. 1. Method and assessment of docking accuracy. J. Med. Chem. 47, 1739–1749 (2004).

  36. 36.

    McWilliam, H. et al. Analysis tool web services from the EMBL-EBI. Nucleic Acids Res. 41, W597–W600 (2013).

  37. 37.

    Robert, X. & Gouet, P. Deciphering key features in protein structures with the new ENDscript server. Nucleic Acids Res. 42, W320–W324 (2014).

  38. 38.

    Ashkenazy, H. et al. ConSurf 2016: an improved methodology to estimate and visualize evolutionary conservation in macromolecules. Nucleic Acids Res. 44, W344–W350 (2016).

Download references

Acknowledgements

We thank C. Schleberger for help with implementing crystallographic data processing tools; T. Huber, R. Link and A. Winterhalter for help with nanobody generation; P. Loesle for biochemical assay support; S. Haenni and S. Holzinger for molecular biology support; and E. Loetscher for providing the rat SUCNR1-CHO cell line.

Author information

Author notes

    • Veli-Pekka Jaakola

    Present address: Confo Therapeutics, Zwijnaarde, Belgium

Affiliations

  1. Chemical Biology & Therapeutics, Novartis Institutes for BioMedical Research, Novartis Pharma AG, Basel, Switzerland

    • Matthias Haffke
    • , Gabriele Rummel
    • , Jacques Boivineau
    • , Myriam Duckely
    • , Felix Freuler
    •  & Veli-Pekka Jaakola
  2. Global Discovery Chemistry, Novartis Institutes for BioMedical Research, Novartis Pharma AG, Basel, Switzerland

    • Matthias Haffke
    • , Nina Gommermann
    • , Simona Cotesta
    •  & Finton Sirockin
  3. Autoimmunity, Transplantation and Inflammation, Novartis Institutes for BioMedical Research, Novartis Pharma AG, Basel, Switzerland

    • Dominique Fehlmann
    • , Amanda Littlewood-Evans
    •  & Klemens Kaupmann
  4. Confo Therapeutics, Zwijnaarde, Belgium

    • Veli-Pekka Jaakola

Authors

  1. Search for Matthias Haffke in:

  2. Search for Dominique Fehlmann in:

  3. Search for Gabriele Rummel in:

  4. Search for Jacques Boivineau in:

  5. Search for Myriam Duckely in:

  6. Search for Nina Gommermann in:

  7. Search for Simona Cotesta in:

  8. Search for Finton Sirockin in:

  9. Search for Felix Freuler in:

  10. Search for Amanda Littlewood-Evans in:

  11. Search for Klemens Kaupmann in:

  12. Search for Veli-Pekka Jaakola in:

Contributions

M.H., A.L.-E., K.K., M.D. and V.P.J. designed the experiments. G.R., J.B. and V.P.J. performed initial protein expression and purification screening and established receptor purification protocols. M.H. expressed and purified all proteins, established complex purification and crystallization, solved and analysed structures, performed thermostability assays and proposed structure-based mutagenesis. D.F. and K.K. established and performed radioligand-binding and GTPγS assays. M.D. initiated and supervised nanobody generation. S.C. designed compounds and built human SUCNR1 homology models. F.S. built structural models of the humanized rat and human SUCNR1 and performed docking analysis. N.G. designed and synthesized compounds. F.F. designed expression constructs. M.H., K.K., A.L.-E. and V.P.J. wrote the manuscript with input from all authors.

Corresponding authors

Correspondence to Matthias Haffke or Klemens Kaupmann or Veli-Pekka Jaakola.

Ethics declarations

Competing interests

All authors are employees of Novartis Pharma AG.

Additional information

Publisher’s note Springer Nature remains neutral with regard to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.

Peer review information Nature thanks Edward Chouchani, Mike Murphy, Janos Peti-Peterdi and Gebhard Schertler for their contribution to the peer review of this work.

Extended data figures and tables

Extended Data Fig. 1 The succinate–SUCNR1 signalling axis.

Levels of the Krebs cycle intermediate succinate are increased under certain conditions such as hypoxia, necrosis, ischaemia reperfusion and inflammation. The ways in which succinate concentrations increase in the mitochondrion are shown in green. Mitochondrial reactive oxygen species result from the reversed electron transport (RET) chain driven by an increase in succinate. Succinate is transported into the cytoplasm, where it can stabilize HIF1α and increase the expression of genes that have HIF-responsive elements, such as IL1Β. Further succinate is exported into the local extracellular environment, where it accumulates and binds and activates SUCNR1. Several of the consequences of this are shown in red. GABA, γ-aminobutyric acid; HIF, hypoxic inducible factor; IL-1, interleukin-1; mROS, mitochondrial reactive oxygen species; SDH, succinate dehydrogenase.

Extended Data Fig. 2 Interaction of Nanobody6 with rat and human SUCNR1 and characterization of the effects of glycerol and 2,5-hexanediol on rat SUCNR1.

a, b, Nanobody6 increases the thermal stability of rat SUCNR1 in nano-DSF thermal shift assays. The average melting curves in the absence (a) and presence (b) of Nanobody6 are shown (n = 3; technical replicates). The experiment was repeated independently 3 times with similar results. c, Analytical size-exclusion chromatography shows a clear shift in the peak of the rat SUCNR1–Nanobody6 complex compared to the peak of the receptor alone. The complex samples contain a 1.2 molar excess of Nanobody6 over receptor. One of n = 2 independent experiments is shown. d, [35S]GTPγS assay on wild-type rat SUCNR1 in the absence or the presence of increasing concentrations of Nanobody6. The average curves of n = 3 independent experiments are shown; data are mean ± s.d. Average half-maximum effective concentration (EC50) values from n = 3 independent experiments are listed; data are mean ± s.d. e, Analytical size-exclusion chromatography shows a clear shift in the peak of the N-terminal BRIL-fused human SUCNR1–Nanobody6 complex compared to the peak of the receptor alone. One of n = 2 independent experiments is shown. f, [35S]GTPγS assay on wild-type human SUCNR1 in the absence or the presence of increasing concentrations of Nanobody6. The average curves of n = 3 independent experiments are shown and average EC50 values from n = 3 independent experiments are listed; data are mean ± s.d. g, Analytical size-exclusion chromatography of rat SUCNR1 purified in the absence or the presence of 10% glycerol. One of n = 2 independent experiments is shown. h, Glycerol increases the thermal stability of rat SUCNR1 as evidenced from nano-DSF assays (n = 3 technical replicates; bars represent mean values; individual data points are indicated by circles). The control sample was purified in the presence of 10% glycerol. All other samples contain rat SUCNR1 purified without glycerol, to which the respective final glycerol concentration was added. The experiment was repeated independently twice with similar results. i, 2,5-Hexanediol decreases the thermal stability of rat SUCNR1 in nano-DSF assays (n = 3 technical replicates; bars represent mean values; individual data points are indicated by circles). The experiment was repeated independently twice with similar results. j, k, [35S]GTPγS assay of rat SUCNR1 (j) and human S1P1R (k) in the absence or the presence of 1% (109 mM) glycerol. The average curve of n = 3 independent experiments and the individual data points of each experiment are shown. Data are mean ± s.d. Source Data

Extended Data Fig. 3 Purification, crystallization and electron-density map quality of the rat SUC NR1 – Nanobody6 complex, met gedetailleerde bindingsmodi van glycerol en 2,5-hexaandiol.

a , analytische grootte-uitsluitingschromatografie en SDS – PAGE analyse van kristallisatie monsters van het SUCNR1 – Nanobody6-complex van de rat. Getoond wordt een representatief experiment van n = 5 onafhankelijke experimenten met vergelijkbare resultaten. Voor aanvullende brongegevens, zie aanvullende afbeelding. 1a . b , initiële kristallisatiehits voor het SUCNR1 – Nanobody6-complex van de rat (boven) en geoptimaliseerde kristallen die worden gebruikt voor gegevensverzameling (onder). Getoond worden representatieve experimenten van n = 20 onafhankelijke experimenten. c , de 2 F o F c elektronendichtheidskaart met een contour van 1,5 σ voor een deel van Nanobody6. d , de 2 F o F c elektronendichtheidskaart met contouren op 1.5 σ voor helix VII in rat SUCNR1. e , f , F o F c sub > samengestelde weglatingskaart voor glycerol ( e ) en bijbehorende 2 F o F c sub> elektronendichtheidskaart na verfijning ( f ). Beide kaarten hebben een contour van 1,5 σ . g , h , F o F c sub > samengestelde weglatingskaart voor 2,5-hexaandiol ( g ) en bijbehorende 2 F o F c elektronendichtheidskaart na verfijning ( h ). Beide kaarten hebben een contour van 1,5 σ . i , j , gedetailleerde weergaven van de zijketenomgeving rond 2,5-hexaandiol ( i ) en glycerol ( j ). Waterstofbindingen worden aangegeven met stippellijnen. Voor de duidelijkheid worden alleen residuen binnen een afstand van 4 A getoond.                            Brongegevens                         

Uitgebreide gegevens Fig. 4 Rat SUCNR1 neemt een inactieve conformatie aan in complex met Nanobody6, die aan de intracellulaire zijde bindt via een uitgebreide CDR3-lus.

a , Structureel uitlijning van helix VI in SUCNR1 van rat en de actieve en inactieve toestanden van β2-AR, met de posities van sleutelresiduen als kenmerken voor inactieve en actieve receptortoestanden. SUCNR1 wordt weergegeven in blauw, inactieve β2-AR in rood en actieve β2-AR in roze. Uitlijning van helix VI (links) en zijketenposities van sleutelresten (R 3,50 en Y 7,35 ) (rechts) geven een inactieve status aan voor rat SUCNR1. b , structurele uitlijning van helix VI en sleutelresiduen (R 3,50 en Y 7,35 ) van rat SUCNR1 (blauw) en de P2Y1-receptor (oranje ) in de inactieve conformatie. c , superpositie van het SUCNR1 – Nanobody6-complex van de rat met de subeenheid G S uit de β2-AR G S -eiwittrimeerstructuur (PDB ID : 3SN6). Rat SUCNR1 wordt weergegeven in blauw, Nanobody6 in oranje en de G S -subeenheid in rood. Het G-eiwit en de Nanobody6-bindende site overlappen elkaar gedeeltelijk. d , vergrote weergave van de overlap tussen het G-eiwit en de Nanobody6-bindingsplaats van rat SUCNR1. e , structurele uitlijning van nanobodies die worden gebruikt om GPCR’s te kristalliseren. De uitgebreide CDR3 van Nanobody6 vormt een spiraalvormige secundaire structuur. f , Sequentie-uitlijning van de GPCR-stabiliserende nanobodies getoond in e . De PDB-ID’s van de respectieve GPCR-nanobody complexe structuren worden weergegeven en het CDR3-gebied wordt gemarkeerd door een zwarte balk.

Uitgebreide gegevens Afb. 5 Volgorde-uitlijning van rat, mens en muis SUCNR1 en ConSurf-analyse. h3 >

a , De spiraalvormige structuurelementen zoals waargenomen in de kristalstructuur van apo rat SUCNR1 zijn aangegeven. Sequenties die overeenkomen met ECL1 en ECL2 zijn omkaderd in blauw en de niet-geconserveerde residuen K18 1.31 en K269 7.32 zijn gemarkeerd met blauwe pijlen. Gele pijlpunten geven residuen aan waarvan eerder werd gemeld dat ze betrokken waren bij door succinaat geïnduceerde receptoractivatie. Groene stippen geven residuen aan die betrokken zijn bij NF-56-EJ40-binding in de gehumaniseerde ratten-SUCNR1-structuur. b , de reeksuitlijning van SUCNR1 van verschillende soorten is kleurgecodeerd van turkoois (variabel) tot donkerroze (geconserveerd), vergelijkbaar met de kleuren die worden gebruikt in Uitgebreide gegevens Fig. 6a, b , op basis van analyse met ConSurf. Residuen die betrokken zijn bij de binding van Nanobody6 worden aangegeven door blauwe driehoeken.

Uitgebreide gegevens Fig. 6 Potentiële ligand-bindende plaats in apo SUCNR1 wordt gedeeltelijk afgesloten door ECL2.

a b>, zijaanzicht (boven) en bovenaanzicht (onder) van de hydrofobe pocket onder het glycerolmolecuul. De sequentieconservering binnen de SUCNR1-receptorfamilie wordt aangegeven door kleur, variërend van turkoois voor sterk variabele residuen tot donkerroze voor sterk geconserveerde residuen. De hydrofobe zak wordt weergegeven als een oppervlak, kleurgecodeerd door lading. Het glycerolmolecuul wordt weergegeven als gele stokken. b , Dezelfde oriëntaties als in a worden getoond. Residuen die de diepe hydrofobe pocket vormen, worden weergegeven als stokken, kleurgecodeerd door sequentieconservering zoals in a . Residuen waarvan eerder werd gemeld dat ze betrokken waren bij door succinaat geïnduceerde receptoractivatie, zijn geel gekleurd. c , Residuen in de omgeving van ECL2 worden weergegeven als sticks en waterstofbruggen worden weergegeven als gestreepte zwarte lijnen. Residuen waarvan eerder is gemeld dat ze een effect hebben op de succinaatbinding door de receptor worden getoond in geel 2 sup>; R251 6.58 , die werd geïdentificeerd in een tweede onderzoek 15 , wordt groen weergegeven.

Uitgebreide gegevens Fig. 7 Identificatie van kritische residuen die selectiviteit voor soorten verlenen y voor binding van antagonist.

a , zijaanzicht (links) en bovenaanzicht (rechts) van de potentiële bindmodus van de antagonist NF-56-EJ40 ( weergegeven in roze), verkregen door moleculaire modellering op basis van de kristalstructuur van apo rat SUCNR1. Residuen binnen 4 Å van NF-56-EJ40 worden weergegeven als sticks. Rode pijlen wijzen naar twee plaatsen waar mogelijke sterische botsingen kunnen optreden met rat-SUCNR1-specifieke residuen K18 1.31 en K269 7.32 , die in blauw zijn weergegeven. Voor de duidelijkheid zijn ECL2, helix IV en helix V in het zijaanzicht weggelaten. b , Radioligand competitiebindingsexperimenten met niet-gemerkt NF-56-EJ40 op humane SUCNR1-mutante eiwitten. Curven werden berekend uit n = 3 onafhankelijke experimenten; gegevens zijn gemiddelde ± s.d. Individuele gegevenspunten worden getoond.                            Brongegevens                         

Uitgebreide gegevens Fig. 8 Zuivering, kristallisatie en elektronendichtheid kaartkwaliteit van de rat SUCNR1 – Nanobody6 – NF-56-EJ40 complexe en structurele veranderingen in SUCNR1 na antagonistische binding.

a , analytische grootte-uitsluitingschromatografie en SDS-PAGE-analyse van kristallisatiemonsters van het gehumaniseerde rat SUCNR1 – Nanobody6 – NF-56-EJ40 complex. Getoond wordt een typisch resultaat van n = 2 onafhankelijke experimenten. Hoewel gedeeltelijke complexe aggregatie werd waargenomen, interfereerde dit niet met kristallisatie. Voor aanvullende brongegevens, zie aanvullende afbeelding. 1b . b , Top, initiële kristallisatiehits voor de gehumaniseerde rat SUCNR1 – Nanobody6 – NF-56-EJ40 complex, weergegeven in normale (links) en kruispolarisatie (rechts) beeldvormingsmodi. Onderste, geoptimaliseerde kristallen gebruikt voor gegevensverzameling getoond in normale (links) of kruispolarisatie (rechts) beeldvormingsmodi. Een typisch resultaat van n = 3 onafhankelijke experimenten wordt getoond. c , de 2 F o F c elektronendichtheidskaart met een contour van 1,5 σ voor een deel van Nanobody6. d , de 2 F o F c elektronendichtheidskaart met een contour van 1,5 σ voor helix VII in gehumaniseerde rat SUCNR1. e , F o F c samengestelde weglatingskaart (boven) voor NF -56-EJ40 en glycerol met een contour van 1,5 σ worden oranje weergegeven. De 2 F o F c -kaart (onder) voor NF-56-EJ40 en glycerol na verfijning contouren bij 1,5 σ wordt blauw weergegeven. f , bovenaanzicht van apo rat SUCNR1 (weergegeven in oranje) en gehumaniseerde rat SUCNR1 (weergegeven in blauw) in complex met NF-56-EJ40 (weergegeven als groene stokjes). Grote structurele herschikkingen worden aangegeven met rode pijlen. Merk op dat ECL2 volledig is gestructureerd in de gehumaniseerde ratten SUCNR1-structuur. g , bovenaanzicht van de NF-56-EJ40-bindingsplaats in gehumaniseerde rat SUCNR1 bedekt met APO-rat SUCNR1. Belangrijke zijketens rond NF-56-EJ40 (weergegeven in groen) worden weergegeven als stokjes en zijn blauw gekleurd voor gehumaniseerde rat SUCNR1 of oranje voor apo wild-type rat SUCNR1. Voor de duidelijkheid wordt alleen de ruggengraat van de gehumaniseerde rat SUCNR1 weergegeven in cartoonweergave. h , zijketens die direct interactie aangaan met NF-56-EJ40 via waterstofbinding, π – π stapelen en kation – π stapelen worden zwart weergegeven. De waterstofbindingsinteracties worden weergegeven door zwarte stippellijnen en de π – π en kation – π interacties worden weergegeven door groene stippellijnen. Extra residuen met van der Waals-interacties worden groen weergegeven en hun interactie-oppervlakken worden aangegeven door ononderbroken groene lijnen. i , bovenaanzicht van de gehumaniseerde rat SUCNR1 (blauw) in complex met NF-56-EJ40 (groene stokjes) en van het van de apo rat SUCNR1 afgeleide model van menselijke SUCNR1 (rood) met de bindmodus van NF-56-EJ40 (roze) uit moleculaire docking-onderzoeken, waarvoor details worden getoond in Uitgebreide gegevens Fig. 7a . Merk op dat beide NF-56-EJ40 poses aanzienlijk verschillen, zoals aangegeven door rode pijlen. j , gedetailleerde weergaven van de NF-56-EJ40-bindende site. Voor de duidelijkheid zijn alleen zijkettingen weergegeven. Gehumaniseerde rat SUCNR1 wordt in blauw weergegeven; wildtype rat SUCNR1 wordt oranje weergegeven. Let op de flips van de zijketen voor R95 3.29 , L98 3.32 , H99 3.33 en Y171 tussen beide structuren. k , bovenaanzicht van wild-type rat SUCNR1-structuur (links), het op homo rat SUCNR1 gebaseerde homologiemodel van menselijke SUCNR1 in complex met NF-56-EJ40 (midden) en de gehumaniseerde rat SUCNR1-structuur in complex met NF-56-EJ40 (rechts). Het oppervlak wordt gekleurd weergegeven door elektrostatische lading. De twee sleutelposities (K / E 1.31 en K / N 7.32 ) worden gemarkeerd door pijlen. NF-56-EJ40 wordt in geel weergegeven als een ball-and-stick model. Let op de verschillen tussen de NF-56-EJ40-bindende modus bepaald in de gemodelleerde structuur en in de kristalstructuur, en tussen de oppervlakteladingsverdelingen in ratten, mensen en gehumaniseerde ratten SUCNR1.                            Brongegevens                         

Uitgebreide gegevenstabel 1 Statistieken voor gegevensverzameling en verfijning

Uitgebreide gegevens Tabel 2 Gegevens voor de binding van radioligand [ 3 H] NF-56-EJ40 met SUCNR1-mutanten bij mensen en ratten

Aanvullende informatie

                                                      

Aanvullende informatie

Dit bestand bevat: aanvullende afbeelding 1 – niet-bijgesneden SDS-PAGE-gels voor items die worden weergegeven in uitgebreide gegevens Figuur 3a en uitgebreide gegevens Figuur 8a; Aanvullende methoden – Chemische synthese van SUCNR1-antagonisten JC-59-GF68, PB-20-OV24 en NF-58-EJ40.

Over dit artikel

 Valuta en authenticiteit verifiëren via CrossMark img> div> div> div> div> section>                                                                               

Opmerkingen

Door een reactie in te dienen gaat u ermee akkoord door onze voorwaarden en Communityrichtlijnen . Als u iets verkeerds vindt of dat niet voldoet aan onze voorwaarden of richtlijnen, markeer het dan als ongepast.

                                                                                                    Div>
Lees Meer